Nhật Bản đã rất thành công trong việc nhanh chóng hoàn thành các mục tiêu chiến tranh ban đầu của họ, gồm cả việc chinh phục Philippines, chiếm Malaysia và Singapore, chiếm giữ các vùng tài nguyên phong phú ở Java, Borneo và Indonesia. Hiểu theo nghĩa thông thường, mở đầu cho một giai đoạn các chiến dịch thứ hai được bắt đầu sớm vào tháng 1 năm 1942. Tuy nhiên, vì có những khác biệt về chiến lược giữa hải quân và quân đội của họ, cũng như cuộc đấu tranh nội bộ giữa Tổng hành dinh của Hải quân và Hạm đội Liên hợp của Đô đốc Yamamoto, việc thành lập một chiến lược hiệu quả đã bị cản trở, và chiến lược tiếp theo không được cung cấp tài chính cho tới tận tháng 4 năm 1942..[6] Lúc đó, Đô đốc Yamamoto đã thành công trong cuộc đấu tranh trong giới quan trường để đưa khái niệm tác chiến của ông vào thực thi – đó là những chiến dịch tiếp theo ở vùng Trung Thái Bình Dương – trước khi các đối thủ khác có hành động tác chiến. Chúng gồm cả các chiến dịch khác cả trực tiếp hay gián tiếp nhằm vào Australia, cũng như các chiến dịch nhằm vào Ấn Độ Dương. Tuy nhiên, cuối cùng, Yamamoto đã công khai đe dọa từ chức trừ khi ông được tiếp tục kế hoạch của mình.[7]

Lo ngại chiến lược ban đầu của Yamamoto là sự loại trừ các lực lượng tàu sân bay của Mỹ hiện đang còn ở đó.[nb 1] Sự lo ngại này càng tăng thêm khi quân đội Hoa Kỳ tiến hành chiến dịch "không kích Doolittle" ném bom vào Tokyo (18 tháng 4 năm 1942) bằng các máy bay B-25 xuất phát tàu sân bay USS Hornet nhằm gây ra một cú sốc tâm lý lớn cho người dân Nhật và cho thấy rằng quân đội Nhật Bản quá mong manh để ngăn chặn các đợt tấn công vào Nhật Bản, khiến người dân hoài nghi vì các nhà lãnh đạo Nhật Bản vì họ tuyên bố rắng đất nước Nhật sẽ không bị xâm phạm.[8][nb 2] Yamamoto cho rằng một chiến dịch nhắm vào căn cứ tàu sân bay chính ở Trân Châu Cảng sẽ khiến họ phải chiến đấu.[9] Tuy nhiên, vì lực lượng không quân trên bộ của Hoa Kỳ hiện đang đóng ở Hawaii, Yamamoto kết luận rằng không thể đánh trực tiếp vào cứ điểm quân sự mạnh mẽ của Hoa Kỳ. Thay vào đó, ông lựa chọn đảo san hô Midway, nằm ở phía cực tây bắc của dãy quần đảo Hawaii, khoảng 1.300 hải lý từ Oahu. Bản thân Midway không có tầm chiến lược đặc biệt quan trọng trong kế hoạch lớn hơn của Nhật Bản, tuy nhiên, người Nhật cảm thấy rằng người Mỹ sẽ coi Midway là một tiền đồn mang tính sống còn đối với Trân Châu Cảng, và vì thế sẽ bảo vệ nó bằng mọi giá.[10]